Активный член и один из лидеров Московского методологического кружка в первой половине 1960-х гг., затем один из пионеров движения системных исследований в стране, сооснователь научной школы «Философия и методология системных исследований».

Основными научными интересами Юдина были: природа и особенности современного методологического знания как специфического типа рефлексии над наукой; системный подход; оригинально понимаемая им категория деятельности в философии и науке.

Уроженец Москвы (вырос в одной семье с младшим братом Б. Г. Юдиным, впоследствии философом и членом-корреспондентом РАН). Окончил Московский юридический институт, аспирантуру Московского городского педагогического института им В. П. Потёмкина (1955), защитил кандидатскую диссертацию по философии. Был распределён преподавателем философии в Томский государственный педагогический институт.

Осенью 1956 года выступил на партийном отчётно-перевыборном собрании, «внёс предложение улучшить информацию о партийной и государственной жизни (имея в виду венгерские события осени 1956 года …) и <…> предложил, чтобы вышестоящие партийные органы — райком и горком — систематически информировали о своей работе первичные партийные организации»[1], за что был исключён из КПСС, а при попытке поехать в Москву, чтобы добиться пересмотра решения об исключении — арестован и осуждён (весна 1957 года) на 10 лет заключения за «антисоветскую пропаганду и агитацию».

В 1960 году был освобождён досрочно (без снятия судимости), вернулся в Москву, где был вынужден трудиться прессовщиком на заводе. В то же время Юдин познакомился с Г. П. Щедровицким и начинает активно участвовать в семинарах Московского методологического кружка.

Затем поступил на работу в философскую редакцию издательства «Советская энциклопедия», где участвует в подготовке «Философской энциклопедии» по гносеологической (эпистемологической) и философско-научной тематике. Юдин стал одним из лидеров зарождающихся в стране системных исследований, участвует (1962 год, совместно с Щедровицким и В. Н. Садовским) в организации Междисциплинарного семинара по структурно-системным методам анализа в науке и технике при Комиссии по кибернетике АН СССР (или Научном совете по комплексной проблеме «Кибернетика» при Президиуме АН СССР, которым руководил А. И. Берг), планировал несостоявшуюся конференцию «Проблемы исследования систем и структур» (1965).

В 1965—1966 годах Юдин отдалился от ММК. В 1970-х годах, работая в Институте истории естествознания и техники АН СССР и руководя системным семинаром при институте, Юдин, совместно с Садовским и И. В. Блаубергом инициировал создание ежегодника «Системные исследования», ставшего затем наиболее авторитетным в СССР изданием по системной проблематике. Впоследствии основанное этими тремя учёными направление получило признание как научная школа «Философия и методология системных исследований».

• Алексеев Н. Г., Юдин Э. Г. Проблемы диалектического материализма в работах советских философов // Вопросы философии. — 1964. — № 12. — С. 149—162.
• Щедровицкий Г. П., Юдин Э. Г. О применении понятия управления в психологических и педагогических исследованиях // Вопросы активизации мышления и творческой деятельности учащихся. Тезисы докладов на межвузовской конференции : Сб. — М., 1964.
• Лефевр В. А., Щедровицкий Г. П., Юдин Э. Г. «Естественное» и «искусственное» в семиотических системах// Проблемы исследования систем и структур. Материалы к конференции : Сб. — М., 1965.
• Щедровицкий Г. П., Юдин Э. Г. Педагогика и социология. Сообщение I// Новые исследования в педагогических науках. Вып. 7 (?) : Сб. — М., 1966.
• Щедровицкий Г. П., Лефевр В. А., Юдин Э. Г. Анализ связей управления в социальных структурах и деятельности // (Место публикации не установлено). — 1966.
• Блауберг И. В., Садовский В. Н., Юдин Э. Г. Системный подход: предпосылки, проблемы, трудности. — М., 1968.
• Блауберг И. В., Садовский В. Н., Юдин Э. Г. Системный подход в современной науке // Проблемы методологии системных исследований. — М., 1970. — С. 7—48.
• Блауберг И. В., Юдин Э. Г. Становление и сущность системного подхода. — М., 1973.
• Блауберг И. В., Садовский В. Н., Юдин Э. Г. Systems theory. Philosophical and methodological problems. — М., 1977.
• Блауберг И. В., Садовский В. Н., Юдин Э. Г. Философский принцип системности и системный подход // Вопросы философии. — 1978. — № 8. — С. 29—52.
• Юдин Э. Г. Системный подход и принцип деятельности: Методологические проблемы современной науки. — М>.: Наука, 1978. — 391 с.
• Юдин Э. Г. Методология науки. Системность. Деятельность. — М.: УРСС, 1997. — 444 с.